El coronel de la Guàrdia Civil, Diego Pérez de los Cobos, que va ser designat per l'executiu de Mariano Rajoy per coordinar totes les policies a Catalunya durant l'1-O afirma que "la relació amb el senyor Trapero va ser sempre difícil". Pérez de los Cobos ha fet aquesta afirmació en la seva declaració com a testimoni en el Tribunal Suprem en el judici als dirigents del procés.

Pérez de los Cobos ha afegit que l'aleshores cap dels Mossos d'Esquadra, el major Josep Lluís Trapero, "el dia 27 va presentar un escrit sol·licitant que es revoqués la meva designació al·legant que s'estaven envaint les competències dels Mossos."

D'aquesta manera el responsable de coordinar l'operatiu policial durant l'1-O ha evidenciat que no es va entendre amb el major Trapero des d'un bon principi quan va ser designat el 21 de setembre "per a encarregar-me del compliment de les ordres per part del Fiscal Superior".

Malgrat això, Pérez de los Cobos ha assegurat que "el 19 d'agost, el comissari Ferran López ens va assegurar que, en cas que el referèndum evolucionés, sempre obeirien els dictàmens judicials". Ferran López, qui era número dos de Trapero, va acabar sent designat per l'Estat com a màxim responsable uniformat dels Mossos durant l'aplicació de l'article 155.

En aquest context, el coronel Pérez de los Cobos també ha afirmat que, davant la proposta d'enviar agents de les Forces i Cossos de Seguretat de l'Estat per impedir la consulta independentista, "el Conseller d'Interior (Joaquim Forn) va dir que no era necessari cap mena de suport a Catalunya i que amb els mitjans dels Mossos ja era suficient".

Sobre la junta de seguretat en la qual es va tractar sobre com s'havia d'actuar davant l'1-O, Pérez de los Cobos afirma que "la junta de seguretat va ser kafkiana, Sent com és paritària, la va convocar el president de la Generalitat (Carles Puigdemont), unilateralment".

En aquest context, el coronel afegeix que "Puigdemont va transmetre que l'objecte de la reunió era acordar l'actuació de la policia judicial per a garantir la convivència ciutadana tal com la magistrada apuntava en el seu acte".

Aquí, Pérez de los Cobos recorda que "l'acta de la magistrada ordenava impedir la celebració de la consulta. En primer lloc impedir la utilització dels locals per a qualsevol activitat encaminada a la celebració i, el dia 1-O, impedir l'obertura perquè es produís la votació o, en cas d'obertura, ordenava el seu tancament."

En aquest punt, el coronel de la Guàrdia Civil ha afirmat que "el President de la Generalitat em va dir que el bé suprem era mantenir la convivència", i que "li vaig recordar a Puigdemont que no confongués adjectiu amb substantiu. S'agafava com a un clau rogent a les paraules de la magistrada sobre la convivència".

En resposta a Puigdemont, Pérez de los Cobos assegura que en la junta de seguretat va posar sobre la taula que "a la vista que s'utilitzava la convivència ciutadana per a la inacció judicial vam aclarir que nosaltres faríem el necessari perquè es dugués a terme (el que demana l'acta judicial)".