El teniente coronel de la Guardia Civil, Daniel Baena, que fue el encargado de instruir gran parte de los procedimientos contra los dirigentes del proceso independentista ha afirmado que "la actitud de los Mossos, las sospechas que se truncaran las actuaciones judiciales justifican que, en algunas operaciones, no informáramos a la policía catalana". Baena ha hecho esta afirmación en el juicio que se sigue contra la anterior cúpula de los Mossos d'Esquadra en la Audiencia Nacional por el papel que tuvo la policía catalana durante los días álgidos del proceso que culminaron con la consulta independentista del 1-O de 2017.

El mando de la Guardia Civil ha afirmado que "durante el 1-O, tendrían que haberse producido un aluvión de solicitudes de apoyo a estos binomios (de los Mossos) para cumplir con el requerimiento del Tribunal Superior de Justicia de Cataluña. Paradójicamente no se produjeron, sino que sólo quedan 14 registros". Baena se refiere al hecho de que las parejas de Mossos que fueron destinadas a los puntos de votación no pidieron ayuda a las Fuerzas y Cuerpos de Seguridad del Estado para impedirlo.

De hecho, Baena ha defendido que los Mossos y su cúpula aquellos días bajo el mando del mayor Josep Lluís Trapero estaban junto a las pretensiones independentistas del gobierno de Carles Puigdemont. Así, el teniente coronel de la Benemèrita ha dicho que "hay una correo de agradecimiento del señor Puigdemont a Trapero del lunes 20 de octubre, recogido por el Tribunal Supremo". Baena ha asegurado que "Puigdemont y Trapero se reúnen en secreto, en puerta cerrada. Y el presidente de Generalitat agradece al mayor su actuación el 1 de octubre".