El consejero de Políticas Digitales y Administración Pública, Jordi Puigneró, también se ve salpicado en la causa del 1-O que instruye el juzgado de instrucción 13 de Barcelona.

Un informe de la Guardia Civil lo vincula con la puesta en marcha de las páginas webs del referéndum, y lo acusa "de entorpecer" la tarea de la justicia. Así mismo, el Instituto Armado considera que Puigneró hizo caso omiso "reiteradamente" a las órdenes judiciales relacionadas con la difusión del referéndum.

La Guardia Civil sostiene que Puigneró conocía de la "ilegalidad" de los procedimientos que estaba promoviendo. Entre ellos, la posibilidad que se abrieran otros dominios web cuando cerraron la página web referendum.cat.

Puigneró fue director del Centro de Telecomunicaciones y Tecnologías de la Información durante la organización de referéndum.

En el supuesto de que el juez de Barcelona decidiera continuar la investigación contra Puigneró, esta parte tendría que remitir al Tribunal Superior de Justicia de Cataluña (TSJC), por el aforo de este investigado.