El sector no independentista del profesorado. Muchos profesores que votaron a Javier Lafuente y acogieron con esperanza su llegada al rectorado de la Universidad Autónoma de Barcelona lamentan ahora haberlo hecho. Lafuente se presentó como un candidato dispuesto a combatir las tentativas de los sectores deseosos de implicar a las universidades en el debate sobre la independencia de Catalunya. La Asamblea Nacional Catalana, por boca de su presidenta, Elisenda Paluzié, había reclamado que los rectores de las universidades públicas fueran todos independentistas. En la UAB, contrariamente a lo ocurrido en la Universidad de Barcelona, la ANC no apoyó a ningún candidato. Lafuente fue el único que se presentó para ocupar el cargo que dejaba vacante Margarita Arboix. Es decir que si los profesores no independentistas que le votaron los días 27 y 28 de octubre de 2020 no lo hubieran hecho, nada habría cambiado y seguiría estando en el cargo a punto de cumplir su primer año de mandato.
El rector ha defraudado a este co lectivo al sumar la UAB a dos manifiestos en apoyo de la amnistía a los líderes independentistas que fueron condenados por el Tribunal Supremo y de la liberación de Carles Puigdemont, cuando fue detenido en L’Alguer. Javier Lafuente firmó esos manifiestos sin convocar al claustro de la universidad para pedir su opinión. También ha provocado la indignación de buena parte del profesorado y el alumnado el comunicado que difundió tras la agresión de un grupo de jóvenes contra el tenderete del colectivo S’Ha Acabat en la plaza Cívica de la Universidad el pasado 6 de octubre. En ese comunicado no criticó la violencia del grupo agresor y se refirió simplemente a ‘la situación de tensión «que se vivió aquel día. En cambio, sí criticó que diputados de Ciudadanos y Vox se desplazaran a la plaza Cívica para denunciar la agresión. En el comunicado, el rectorado se lamentaba de «la instrumentalización ideológica que determinados partidos políticos hacen del campus». Estos incidentes se produjeron pocos días antes de que las Juventudes de Esquerra Republicana de Cataluña invitaran el presidente de este partido, Oriol Junqueras, a impartir una conferencia en la Facultad de Filosofía y Letras de la UAB.
Finalmente, la comunidad universitaria, que está sufriendo los efectos de un ataque informático desde el día 11 que ha complicado enormemente la docencia, vio con sorpresa como el rector publicaba otro comunicado en el que agradecía el apoyo del vicepresidente del gobierno de la Generalitat y la consejera de Recerca y Universitats que, en ningún momento, habían difundido ningún mensaje de solidaridad con la UAB. En este comunicado, además de publicitar un apoyo del gobierno que no ha existido, se agradecía el de las diferentes universidades catalanas, sin hacer ninguna referencia a la solidaridad que han demostrado muchas universidades del resto del Estado. Tampoco se hacía ninguna mención del apoyo recibido por parte del ministro de Universidades, Manuel Castells.
