Por haber comparado la concentración ante el departamento de Economía y Finanzas del 20 de septiembre de 2017 con las manifestaciones de Comisiones Obreras. Lo hizo en su discurso inaugural del duodécimo congreso de Comisiones Obreras en Catalunya y antes de que se proyectara un video titulado «4 años de vértigo», donde se daba mucho protagonismo al proceso independentista y la lucha sindical tenía una presencia secundaria. «Jordi Cuixart y Jordi Sánchez están en prisión por hacer exactamente lo mismo que estáis haciendo vosotros cada día en las movilizaciones en la calle para defender nuestros derechos», dijo y algunos murmullos acompañaron su afirmación desde la sala del Auditorio del Fòrum de Barcelona donde se ha celebrado el Congreso.
Las quejas de numerosos delegados y militantes del sindicato hicieron que Javier Pacheco cambiase de discurso y en el acto de clausura no hizo ninguna alusión al procés y a sus representantes. Fue reelegido como secretario general del sindicato con un 94,6% de los votos de los delegados y su informe recibió el 96,9% de los votos. Estará, pues, cuatro años más al frente de un sindicato que dirige desde que en 2017 sustituyó Juan Carlos Gallego.
