En la sentència de l'Audiència Nacional que ha absolt el major dels Mossos d'Esquadra, Josep Lluís Trapero, dels delictes de sedició i desobediència per l'1-O posa en qüestió les declaracions i proves que van presentar els investigadors i membres de la Guàrdia Civil que van testificar contra el cap de la policia de la Generalitat de Catalunya.
Així, la sentència fa referència a la declaració feta pel cap de la investigació del procés independentista, el tinent coronel Daniel Baena. El tribunal afirma que "el Tinent Coronel instructor dels atestats, agent T43166Q, va sostenir la implicació del Sr. Trapero en el procés polític que va desembocar en el referèndum. Per a justificar la seva valoració va aportar altres fets: (i) Va ser nomenat Major per a reforçar el seu comandament i que pogués adaptar la institució policial als fins dels independentistes, (ii) Es va reunir en secret amb el President del Govern i est li va agrair la seva actuació l'1 d'octubre, (iii) Formava part del comitè executiu del procés independentista que s'esmentava en el document EnfoCats. Aquestes tres dades no es corresponen amb la realitat".
Per defensar els seus arguments, el tribunal afirma que "no hi ha cap element probatori que el major Trapero es reunís en secret amb Puigdemont, com afirma el Tinent Coronel de Policia Judicial. En el judici va citar com a prova de la seva afirmació un correu electrònic que no havia estat incorporat al procés -i que no va ser admès en la seva declaració-, sense una altra referència. El contingut del missatge redactat en català, que es va llegir durant la pràctica del seu testimoniatge, no recolza aquest enunciat. Ni tan sols s'ha recollit en les conclusions del Fiscal".
Es dona la circumstància que Baena va ser identificat el 2018 per Público a Twitter sota l'àlies de Tácito, el pseudònim que utilitzava en un compte que ell mateix va reconèixer manejar en una conversa telefònica amb aquest mitjà, i a través de la qual increpava a polítics, activistes, Mossos d'Esquadra i periodistes catalans vinculats amb l'independentisme, i fins i tot avançava les seves detencions i els delictes pels quals després serien processats.
L'Audiència Nacional també qüestiona el testimoni del Coronel de la Guàrdia Civil, Diego Pérez de los Cobos, el qual en el moment dels fets jutjats ostentava el càrrec de coordinador de l'operatiu de tots els cossos policials que havien d'aturar la consulta independentista de l'1 d'octubre del 2017.
La sentència afirma que "el Coronel de la Guàrdia Civil Sr. Pérez dels Cobos, llavors Director del Gabinet de Coordinació de la Secretaria d'Estat del Ministeri de l'Interior, va venir a sostenir que hi havia una complicitat entre el Sr. Trapero i els responsables del procés separatista. Era una percepció, va dir, que va tenir en la reunió de la Junta de Seguretat del 28 de setembre quan el Major va intervenir en els mateixos termes que el President, posant l'accent en la frase de l'acte de la magistrada del Tribunal Superior de Justícia que esmentava que no hauria d'afectar-se a la convivència ciutadana. Una percepció personal representa una primera aproximació a un fet a través dels sentits i afectes, un judici de caràcter provisional, la qual cosa posa de manifest la seva feblesa per a sustentar un fet com l'existència d'un acord, explícit o implícit, del Major amb el President del Govern respecte a la celebració del referèndum. Convé deixar anotat que en la reunió es trobaven altres dos acusats, els Srs. Puig i Casañas i Soler Campins, en la seva qualitat de Secretari General i Director de la Policia, i respecte a ells el testimoni no va tenir la mateixa percepció".
La sentència afegeix que "un testimoni d'excepció d'aquella reunió, el Sr. Puigserver Martínez, Secretari General Tècnic del Ministeri d'Interior, llavors i ara, va desacreditar aquesta impressió: «no vaig percebre, va dir, que el Major es manifestés en línia amb el President, no va fer gestos que permetessin inferir tal posicionament». L'acta de la Junta de Seguretat, en la redacció de la qual va intervenir el Sr. Pérez dels Cobos com a secretari en nom del Govern de la Nació, tampoc corrobora aquesta opinió (p.6205). Es recull en ella que el Major va posar «de manifest que els cossos policials tenen com a missió complir la llei i les ordres de les autoritats judicials i han de fer-ho conforme als principis d'actuació legalment establerts. En aquest sentit, insisteix que la previsió per al dia 1 d'octubre és que surtin al carrer més de 2 milions de persones, per la qual cosa considera que la forma com la policia ha de dur a terme aquesta ordre judicial és preservant la convivència, com indica el propi acte judicial, i actuant amb proporcionalitat i congruència, fent ús de la força únicament quan calgui repel·lir agressions a la policia o a terceres persones i evitant causar un mal major al qual es pretén evitar». Trapero es va expressar en la Junta de Seguretat en termes de compliment de la llei i d'observança de la 31 decisió judicial davant de qui presidia la sessió, al qual, segons l'Estatut d'Autonomia i la Llei de Policia, li correspon el comandament suprem del cos de Mossos d'Esquadra".
