El sector no independentista del professorat. Molts professors que van votar Javier Lafuente i van acollir amb esperança la seva arribada al Rectorat de la Universitat Autònoma de Barcelona lamenten ara haver-ho fet. Lafuente es va presentar com un candidat disposat a combatre les temptatives dels sectors que volen que les universitats es ‘mullin’ en el debat sobre la independència de Catalunya. L’Assemblea Nacional Catalana, per boca de la seva presidenta, Elisenda Paluzié, havia reclamat que els rectors de les universitats públiques fossin tots independentistes. A la UAB, contràriament al que va passar a la Universitat de Barcelona, l’ANC no va donar suport a cap candidat. Lafuente va ser l’únic que es va presentar per ocupar el càrrec que deixava vacant Margarita Arboix. És a dir que si els professors no independentistes que el van votar els dies 27 i 28 d’octubre de 2020 no ho haguessin fet, res no hauria canviat i Lafuente continuaria estant al càrrec a punt de complir el seu primer any de mandat.
El rector ha decebut aquest col·lectiu en sumar la UAB a dos manifestos en suport de l’amnistia als líders independentistes que van ser condemnats pel Tribunal Suprem i de l’alliberament de Carles Puigdemont, quan va ser detingut a l’Alguer. Javier Lafuente va firmar aquests manifestos sense convocar el claustre de la universitat per demanar la seva opinió. També ha provocat la indignació de bona part del professorat i l’alumnat el comunicat que va difondre després de l’agressió d’un grup de joves contra el stand del col·lectiu S’Ha Acabat a la plaça Cívica de la Universitat el passat 6 d’octubre. En aquell comunicat no va criticar la violència del grup agressor i es va referir simplement a “la situació de tensió” que es va viure aquell dia. En canvi, sí que va criticar que diputats de Ciutadans i Vox es desplacessin a la plaça Cívica per denunciar l’agressió. Al comunicat del rectorat es lamentava de “la instrumentalització ideològica que determinats partits polítics fan del campus”. Aquests incidents es van produir pocs dies abans que les Joventuts d’Esquerra Republicana de Catalunya convidessin el president d’aquest partit, Oriol Junqueras, a donar una conferència a la Facultat de Filosofia i Lletres de la UAB.
D’altra banda, la comunitat universitària, que està patint els efectes d’un atac informàtic des del dia 11 que ha complicat enormement la docència, va veure amb sorpresa com el rector publicava un altre comunicat en què agraïa el suport del vicepresident del govern de la Generalitat i de la consellera de Recerca i Universitats que, en cap moment, havien difós cap missatge de solidaritat amb la UAB. En aquest comunicat, a més de publicitar un suport del govern que no ha existit, s’agraïa el de les diferents universitats catalanes, sense fer cap referència a la solidaritat que han demostrat moltes universitats de la resta de l’Estat. Tampoc es feia cap esment del suport rebut per part del ministre d’Universitats, Manuel Castells.
