El jutge de l'Audiència espanyola Javier Gómez Bermúdez ha seguit el criteri de la Fiscalia i ha absolt els cinc imputats en l'anomenat cas Egunkaria (Jon Mari Torrealdai, Iñaki Uria, Txema Auzmendi, Martxelo Otamendi i Xabier Oleaga) del delicte de pertinença a banda armada. Els cinc eren directius del rotatiu el 2003, en el moment en què el jutge Juan del Olmo el va clausurar per presumpta integració amb ETA. En la sentència, Gómez Bermúdez assenyala que "el tancament d'un mitjà de comunicació és de dubtosa constitucionalitat" i també assegura que cal un "control més rigorós" en la incomunicació dels presos, després de les denúncies per tortures presentades per diversos dels imputats.

Els cinc periodistes van ser jutjats tot i que la fiscalia havia sol·licitat el desembre de 2006 l'arxivament del procés perquè no es va poder acreditar "ni que el diari sigui font de finançament d'ETA, ni que sigui instrument de blanqueig de capitals il·lícits provinents de la banda". El judici, però, va tirar endavant a instàncies de les acusacions populars exercides per les ultraespanyolistes Dignidad y Justícia i l'associació de Víctimes del Terrorisme (AVT), que demanaven de 12 a 14 anys de presó pels acusats. En les seves declaracions a l'Audiència, els cinc imputats van tornar a declarar-se innocents i van recordar que havien denunciat la guàrdia civil per haver-los torturat.

Egunkaria, fundat el 1990, era l'any 2003 l'únic rotatiu escrit íntegrament en èuscar. El seu tancament fa set anys va acabar comportant l'aparició de Berria, també dirigit per Martxelo Otamendi. Tant l'AVT com Dignidad y Justícia consideraven que uns documents intervinguts a la direcció del rotatiu demostraven la vinculació econòmico-financeres entre la banda armada i el diari. El proppassat 1 de febrer, quan el judici va quedar vist per sentència, el fiscal Miguel Ángel Carballo va reiterar la seva petició d'absolució perquè, segons ell, en els 13 anys de vida del rotatiu "no s'ha trobat una notícia, un article, ni una línia que demostri que a ETA li serveix d'alguna cosa".